Groepen en afstudeerprojectcoördinatoren

In the Bioinformatics chair group, we analyze large 'omics' data sets to answer a wide range of biological questions. To give some examples:

• We compare genomes from different species to understand the function and evolution of complex biological systems,
• We use genetic material sequenced directly from the environment to learn about the identity and role of microbes and viruses in the ecosystem,
• We study how fungi adapt to their environment using comparative genomics combined with wet lab experiments,
• We perform large association studies in a variety of organisms (such as Lettuce) to find regions in the genome that are related to specific traits,
• We study interactions between genes during cancer development and evolutionary processes.

The Bioinformatics chair group is part of the Theoretical Biology and Bioinformatics (TBB) group. You can find more information about the TBB on https://tbb.bio.uu.nl/

Voor info zie: https://cellbiology.science.uu.nl/education/bachelor/bsc-thesis-and-res…

Let op! Deze groep stelt eisen aan de stageperiode en voorkennis.

De missie van het Freudenthal Instituut is om door middel van onderwijs, onderzoek en professionalisering bij te dragen aan hoogwaardig onderwijs in wiskunde en natuurwetenschappen. Als je een scriptie en/of stage loopt bij de biologiedidactiek groep van het Freudenthal Instituut, kun je bijv. onderzoek doen naar het leren en onderwijzen van moeilijke biologische concepten of metacognitieve vaardigheden (zoals systeemdenken of het redeneren met modellen in de biologie). Ook focussen wij ons op de integratie van zogenaamde socio-scientific issues (maatschappelijke vraagstukken), zoals duurzaamheidsvraagstukken, biotechnologische toepassingen, in het biologieonderwijs. We richten ons met name op het middelbaar biologieonderwijs en de docenten (in opleiding), maar er is ook ruimte voor het hoger onderwijs als daar je voorkeur ligt.  

De vakgroep Animal Behaviour and Cognition houdt zich bezig met onderzoek naar groepsleven, welzijn en cognitie bij sociale diersoorten, voornamelijk primaten en vogels. De onderwerpen die wij aanbieden voor stages en scripties zijn zeer divers en verschillen per periode. Hieronder staan enkele onderwerpen van het afgelopen jaar weergegeven:

• Gedragsbehoeften en welzijnsindicatoren bij primaten
• Moeder-kind interactie bij makaken
• Zelfbewustzijn bij chimpansees en gorilla’s
• Vocale flexibiliteit bij primaten
• Emoties meten bij apen met een hitte-camera

Omdat de stages en scripties qua onderwerp vaak aan elkaar gekoppeld zijn, gaat de voorkeur uit naar studenten die hun stage en scriptie in dezelfde periode combineren. Neem contact op met Karlijn Gielen om te vragen welke onderwerpen beschikbaar zijn in de periode waarin jij je stage/scriptie wil doen (k.gielen@uu.nl).

Het praktisch werk bij de stages loopt uiteen van dieren observeren en fysiologische metingen verrichten tot gebruik maken van bestaande datasets waarmee je een onderzoeksvraag kan beantwoorden. Bij observationele stages kost het veel tijd om alle dieren individueel te herkennen, het gedrag goed te leren en om voldoende data te genereren, daarom is een verlengde stage van 10 weken meestal wenselijk bij observationeel onderzoek.

We stimuleren studenten ook om een stage buiten onze vakgroep te zoeken, bijvoorbeeld bij diergeneeskunde, bij een dierentuin of NGO. Bij een zelfgezochte stage is de instelling waar je stage loopt verantwoordelijk voor de dagelijkse begeleiding, maar wij kunnen functioneren als begeleider vanuit het departement Biologie. Wel moet van tevoren met ons worden afgestemd of het onderwerp geschikt is en of wij begeleiding kunnen bieden in de desbetreffende periode.

Meer informatie over onze groep vind je op: https://www.uu.nl/en/research/animal-behaviour-and-cognition 

The Plant-Environment Signaling group studies the complex interactions between plants and their environment. We focus on molecular and physiological signalling mechanisms that enable plants to grow and develop, while dealing with their dynamic environment. We study how plants can be resilient against abiotic stresses, such as flooding or drought, and how they can grow at high planting density. Our work provides a scientific basis for development of future-proof crops. In our research, we use a range of approaches: from molecular and genetic to physiological. Specific methods you might encounter in your BSc project include abiotic treatments of plants (e.g. light, water, hormones), plant phenotyping, microscopy, (qRT-)PCR, molecular cloning, and statistical or bioinformatic analyses. We work with the model system Arabidopsis as well as a diverse set of relevant plant species and crops, including rice, potato, tomato, and legumes such as beans and chickpea. We welcome students from Biology and M(B)LS for a BSc thesis and internship. For more information on ongoing projects, visit our website: www.uu.nl/en/research/plant-ecophysiology.

The Ecology and Biodiversity Group focuses on understanding and predicting biodiversity and ecosystem functioning in a changing world. The study palette is very diverse from the ‘micro’ to the landscape scale. Peat biogeochemistry, Microbial biodiversity, spatial plant and animal ecology, plant community ecology, plant biodiversity, tropical forest ecology and evolutionary ecology are some of the topics of the group. For more information: www.uu.nl/en/research/ecology-and-biodiversity.

Schimmels vervullen een belangrijke rol in de natuur als opruimers van afval, als pathogenen voor andere microben, planten, en dieren, en als symbionten van ondermeer planten (mycorrhizas), algen (korstmossen), en dieren (denk aan bladsnijdende mieren). Voor de mens spelen schimmels een belangrijke rol ondermeer als voedsel, als producent van enzymen, medicijnen, biobrandstoffen, bouwstenen van bioplastics, en recentelijk ook schimmelmaterialen. Ook kunnen schimmels gebruikt worden voor bioremediatie (waaronder water en grond) door het afbreken van toxische verbindingen of het adsorberen van zware metalen. Aan de andere kant zijn schimmels verantwoordelijk voor grote oogstverliezen van vrijwel alle belangrijke voedselgewassen, zijn schimmels verantwoordelijk voor grootschalig voedselbederf en doden schimmels anderhalf miljoen mensen per jaar op onze aarde.  Door de opwarming van de aarde kunnen schimmels zowel in positieve als negatieve zin een nog grotere impact krijgen op de natuur en de mens op belangrijke themas als voedselvoorziening, volksgezondheid, toegang tot schoon water en biodiversiteit.
Binnen de leerstoelgroep doen wij zowel fundamenteel als toegepast onderzoek op vele van bovenstaande themas, waarbij wij werken op het moleculaire, cellulaire en organismale niveau. Op dit moment doen wij met name onderzoek aan

• Schimmels als pathogeen van de mens (met name Aspergillus fumigatus en Malassezia);
• Paddenstoelvorming als ontwikkelingsbiologisch proces en voor optimalisatie voor de productie van commerciele paddenstoelen;
• De afweer van paddenstoelvormende schimmels op microbiele pathogenen;
• De groei van schimmels door organisch substraten en met name de rol van heterogeniteit (verschillen tussen kolonies, tussen zones in kolonies, tussen hyfen in een zone, en tussen compartimenten binnen een hyfe);
• Het voorkomen van voedselbederf door kieming van sporen beter te begrijpen;
• Het gebruik van schimmels voor de productie van enzymen, schimmelmaterialen en vleesvervangers.

Plants continuously need to adjust to fluctuating environmental conditions to survive and perform optimally. In our group we investigate how plants regulate their growth, architecture, and development to cope with changing abiotic environmental conditions from the molecular to the whole-plant level. The focus is on understanding high temperature-mediated molecular signal transduction mechanisms. We study how temperature (from cold to heat stress) is perceived and how temperature signals are integrated and converted into relevant (growth) adaptations, including the transition to flowering. These processes are investigated using state-of-the-art molecular, genetic and physiological methods in the model system Arabidopsis and directly in relevant crops such as tomato, lettuce and potato, with the goal to make them temperature-resilient. We make extensive use of phenotyping techniques, ~omics approaches such as RNA-seq and (phospho)proteomics and bioinformatics. Students from Biology and M(B)LS are welcome for a BSc thesis and internship. Please visit our website to explore the options: www.uu.nl/en/research/molecular-plant-physiology.

Voor info zie: https://web.science.uu.nl/developmentalbiology/teaching/bachelor_thesis…. Let op! Deze groep stelt eisen aan de stageperiode en voorkennis.

In nature, plants are attacked by a multitude of pathogens and pests that can cause major crop losses in agriculture. To protect themselves, plants can activate a sophisticated immune system. Moreover, they recruit beneficial microbiota to their root system that help them to grow better and boost immune responses. The Plant-Microbe Interactions group aims to unravel at the molecular level how the plant immune system orchestrates interactions with pathogens, insect herbivores, and beneficial microbes. This provides a rational basis for developing sustainable strategies for disease resistance in next-generation crops that produce more with less input of fertilizers or pesticides. The Plant-Microbe Interactions group offers BSc thesis & research projects for Biology, MLS and MBLS bachelor programmes. Please visit our website (www.uu.nl/en/research/plant-microbe-interactions) to explore who we are, what type of research we do, and to find out which topics are of your interest. BSc research projects are typically small projects that are part of the research of our PhD candidates and postdocs who perform the hands-on research in the lab. Your BSc thesis will be supervised by one of the principle investigators.

Biological systems are complex systems composed of many interacting building blocks, like molecules, cells, and organisms. These large networks of interactions have been shaped by trial and error during evolution, and nowadays account for the functional behavior of living systems. Understanding the behavior of such complex systems on a mechanistic level cannot be achieved by experimental biology only, and requires theoretical approaches like mathematical modeling, and computer simulation. In our group we use a computational biology approach to study biological processes. As a bachelor student you can have a short project in our group (minimum 5 weeks fulltime or 10 weeks half time) if you have taken at least one of the following courses: Voortgezette statistiek en 'R', Data Science in Biology or an equivalent. In addition, per project other courses may be advantageous. Our research cover a large range of biological areas, including immunology,  development, bacterial evolution, and multi-level evolution. For more information see: https://tbb.bio.uu.nl/ 

Het interfacultaire onderzoeksinstituut IRAS onderzoekt humane gezondheidsrisico’s ten gevolge van blootstelling aan potentieel gevaarlijke stoffen uit het milieu, vanuit zowel toxicologisch en milieu-epidemiologisch oogpunt als ook vanuit de (veterinaire) volksgezondheid.
In de toxicologiedivisie onderzoeken we de effecten van allerlei stoffen uit ons milieu waar we dagelijks aan blootgesteld worden, zoals hormoonverstoorders of microplastics. We onderzoeken welke (moleculaire) mechanismen beïnvloed worden die leiden tot effecten op onze immuun-, neuronale of endocriene systemen. Vanuit onze epidemiologie divisie wordt meer gekeken naar de gezondheidseffecten van dergelijke stoffen op populatieniveau en wordt met behulp van modellen de blootstelling van de populatie in kaart gebracht (exposome onderzoek). Vanuit veterinaire volksgezondheid richten wij ons op de interactie tussen gezondheid van mens en dier en de rol van infectieziekten hierin (zoönosen).

At the Copernicus Institute, faculty of Geosciences at Utrecht University, the transitions to a sustainable society is researched. This research is conducted in interdisciplinary teams and organized around three cross-topical themes and five sustainability challenges. The themes, Governance, Modelling and Transitions, represent our generic signature and covering central aspects of sustainability research and policy. The five 5 topical sustainability challenges, Circular Economy, Sustainable Energy, Sustainable Food, Sustainable Land and Sustainable Water, cover our total research strengths. For biology students the themes sustainable food and sustainable land are the most relevant. In the theme sustainable food we study the impact of agriculture on natural resource use, environmental quality and biodiversity, design innovative solutions to sustainability challenges in agriculture and food systems based on ecological, circularity and fairness principles and try to understand how such innovations and supporting policies can trigger a transition towards a sustainable food system. We follow a transdisciplinary approach by involving farmers, consumers, food companies, societal organizations and policy makers in our research projects to ensure a high societal impact. For sustainable land we try to understand how environmental change and changing land use affect not only the functioning of the terrestrial ecosystem but also its services to humans. In addition, we evaluate and design governance arrangements so as to mitigate adverse effects and to restore ecosystems and preserve biodiversity of terrestrial ecosystems. Moreover, we explore how biofuel production can exist alongside food production and biodiversity conservation.

Als consultant of adviseur vertaal je een vraag van een klant of partij naar een concrete onderzoeksvraag en probeert deze te beantwoorden. Om een goed advies te geven moet je het doen van onderzoek kunnen combineren met het formuleren en communiceren van advies naar de opdrachtgever en maatschappij.

Als je een scriptie en stage in het ‘advies’ wilt doen dan gebruik je informatie literatuur om een bepaalde vraag te beantwoorden. Hiervoor doe je zelf ook onderzoek in de (primaire) literatuur of beschikbare rapporten (scriptie), maar je raadpleegt ook meerdere experts. Vervolgens maak je ook een risico of impact analyse of een assessment matrix om te bepalen welk advies je geeft (de stage). Vaak is het verstandig om ook een enquête te maken voor een bepaalde doelgroep en deze te analyseren.

In toenemende mate zoeken bedrijven en overheden naar duurzame op biologie en bio-technologie gebaseerde oplossingen. Als je advies wilt leren geven over duurzame vraagstukken, ecosysteemdiensten of over leren van de natuur voor een duurzaam ontwerp is een 'advies-scriptie' goed mogelijk. Zo leer je wat je studie Biologie voor waarde heeft in een beleids of management omgeving.
Het advies rapport is zo opgedeeld dat de argumenten de conclusie ondersteunen, daarnaast is het belangrijk dat je het advies vertaald hebt (visueel maakt) voor een breed publiek en ten minste je opdrachtgever. Als je kiest om je scriptie en stage als adviseur te voltooien is het aan te raden dat je het vak Natuurgebaseerd ontwerpen of Wetenschapper in Advies hebt gevolgd. Daarnaast gaan we er vanuit dat je zelf op zoek gaat en contact legt met de externe partij/opdrachtgever. Je kan daarbij denken aan een bedrijf, overheidsinstantie, of adviesbureau. Het vakgebied kan variëren binnen de biologie. Het kan bijvoorbeeld een moleculair, ecologisch, mariene biologisch, planten biologisch of microbiologisch vraagstuk zijn.